Элитное боевое подразделение «Джи-Ай Джо» вступает в конфликт с Зартаном, Сторм Шэдоу и Файрфлай, которые работают на недавно вышедшего на свободу Командира Кобры. Мастер маскировки Зартан, незаметно занявший место президента США в Белом доме, официально обвиняет солдат из отряда «Джи-Ай Джо» в государственной измене и даёт приказ об их ликвидации. В результате неожиданного нападения многие члены отряда оказываются убиты, часть попадает в военную тюрьму. Уйти относительно невредимыми удаётся лишь Роудблоку, Снейк Айзу, Флинту, Джинксу и Леди Джей. Теперь, оставшись без большинства своих товарищей, без оружия и без поддержки правительства, они должны объединить свои силы, чтобы отомстить за друзей, очистить свои имена и в очередной раз помешать Кобре захватить власть над миром.